A Agência Nacional de Inovação é responsável pela gestão do SIFIDE, o sistema de incentivos fiscais à I&D empresarial que visa aumentar a competitividade das empresas, apoiando o seu esforço em Investigação e Desenvolvimento através da dedução à coleta do IRC das despesas com I&D. Este programa de benefícios fiscais para empresas visa fomentar a inovação em Portugal, apoiando o tecido económico nos seus esforços de inovação tecnológica.