A Estratégia Nacional de Investigação e Inovação para uma Especialização Inteligente (ENEI) foi aprovada a 23 de dezembro de 2014 sendo a Agência Nacional de Inovação responsável pela Presidência do Conselho Coordenador da ENEI.

A ENEI visa o desenvolvimento de todo o sistema de investigação e inovação de um modo sustentável, com o objetivo de reduzir as fragilidades identificadas no Diagnóstico ao Sistema de I&I e respetiva análise SWOT, elaborados pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia em 2013.

O documento identifica as grandes apostas estratégicas inteligentes, que são temas com especialização científica, tecnológica e económica, nos quais Portugal e as suas regiões detêm vantagens comparativas e competitivas ou que revelaram potencial de emergir como tais. O alinhamento com essas estratégias constitui obrigatoriedade na concretização dos investimentos do Portugal 2020 em Investigação, Desenvolvimento Tecnológico e Inovação e prioridade noutros casos, como por exemplo, no âmbito dos apoios à competitividade das PME.

O documento apresenta também o modelo de governação da ENEI, que prevê a criação de um Conselho Coordenador, responsável por assegurar uma eficaz coordenação e monitorização da execução do policy-mix definido na estratégia. A ANI assume a presidência do Conselho e assegurará também o respetivo secretariado técnico.